前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI（フットボール・フロンティア・インターナショナル）世界大会で優 勝した10年後、サッカーが大好きな少年・松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学し、雷門サッカー部に入部。しかし、社会的評 価までされ、多くの選手を輩出したあの頃のサッカー部はどこにも無く、サッカーは完全に腐敗していた。何故なら、全国のサッカーが「フィフスセクター」と いう組織に管理され、彼らの指示通りの試合を行わなければならないからである。「フィフスセクター」のシード・剣城京介たった一人相手にボロボロに打ちの めされる部員たち。あの頃のサッカーを取り戻すため、雷門イレブンが雷門サッカー部の監督となった円堂と共に立ち上がる…!