閉鎖的な故郷「空守村」を離れ、東京で一人暮らしを始めた大学生・匡平。彼のもとにある日、空守村で神と崇められている「案山子」という人形を操ることが できる「隻」の資格を持つ実の妹・詩緒が訪れる。彼女の口から、匡平の幼馴染であり過去に村へ惨劇をもたらしたために幽閉された男・阿幾が村から脱走した ことを告げられる。 阿機の脱走に端を発し、閉鎖的環境にあった空守村の内外では、案山子を巡り様々な人物の思惑が絡み始めていく。 こうして今、神々たちの戦いが始まる。