第一部の二年半後から始まる。暁が尾獣を手に入れるため行動を開始する。暁のデイダラが、砂隠れの里の風影になった我愛羅を倒し連れ去ろう とした。 暁を追ったカンクロウが、デイダラと共に活動していたサソリのカラクリ人形の毒によって倒され、意識を失う。その後、砂隠れの里からの緊急のしらせが届 き、ナルト達カカシ班が砂隠れの里へ向かう。途中砂隠れの里に戻るテマリと合流し、砂隠れの里を目指す。その頃、木ノ葉隠れの里では、ガイ班もカカシ班と 同様の任務で派遣されていた。砂隠れの里についたカカシ班は、サクラがカンクロウの毒を解毒し、カンクロウは一命を取り留めた。そして、カカシ班は砂隠れ の里の相談役、チヨバアと共に暁のアジトを目指す。