ハートランドに住む13歳の少年九十九遊馬は、チャレンジし続ける精神=「かっとビング」が口癖の不屈の闘志を持つデュエリスト。ふとした ことから学園一の不良、神代凌牙ことシャークと自分のデッキを賭けたデュエルをすることになるが、連戦連敗の遊馬は成す術もなく窮地に陥る。 そんなとき、以前から夢に出てきた扉の幻影が現れ「この扉を開く者には無限の力を与えるが、その代償に一番大切な物をもらう」と不気味に語りかける。ふと 大切にしていた首飾りを扉に差し込むと無数の光が放たれ、遊馬の前に異世界からやってきた生命体・アストラルが現れる。優れたデュエリストであるアストラ ルだが、その記憶は99枚のナンバーズカードとなって離散し、記憶を喪失していた。 遊馬は様々なデュエリストとのデュエルを通し、図らずもアストラルが求める彼の記憶の欠片──ナンバーズ──を集める事になってしまうのだった。